Zapalenie żył głębokich, poza wspomnianym wyżej postępowaniem, wymaga włączenia leczenia przeciwzakrzepowego (Część I, rozdz. 9), chyba że jest ono przeciwwskazane. Ma ono również ważne znaczenie w zapobieganiu powikłaniom zapalenia żył głębokich zatorem tętnicy płucnej. Stosuje się heparynę w dawce 75-100 mg co 6 h przez ok. tydzień. W wielu ośrodkach stosuje się następnie doustne leczenie lekami przeciwzakrzepowymi przez kilka miesięcy. Leczenie fibrynolityczne nie daje lepszych wyników od leczenia przeciwzakrzepowego, a ze względu na dużą częstość objawów niepożądanych i znaczny koszt leczenia nie poleca się go do rutynowego stosowania.

Ważne znaczenie ma zapobieganie zakrzepom żylnym u chorych szczególnie na nie narażonych. W tym celu stosuje się ćwiczenia i masaże nóg oraz, jeśli to możliwe, wczesne uruchamianie chorych.