Wątroba rosnąc wypukła się z przegrody poprzecznej stając się narządem brzusznym leżącym w krezce. Nie pokryta otrzewną część powierzchni wątroby i przepony jest pozostałością jej rozwoju w przegrodzie poprzecznej. Między 6 a 8 tygodniem życia zarodkowego formuje się ostateczny kształt wątroby: prawy płat wyraźnie powiększa się, a lewy częściowo zanika. Wątroba zarodka, długości 30 mm, stanowi 10% objętości całego ciała, w momencie urodzenia – 5%.
Bliższa część zawiązka wątroby składa się z litego sznura komórek, które stopniowo, od 5 tygodnia życia zarodkowego ulegają udrożnieniu. Zaczyna się ono od przewodu wątrobowego i posuwa obwodowo od wątroby. W 7 tygodniu życia zarodkowego światło osiąga przewód pęcherzykowy. Sam pęcherzyk pozostaje lity aż do 12 tygodnia życia płodowego. Rekanalizacja przewodów często sprawia, że pierwotne drogi zewnątrzwątrobowe mają dwa lub nawet trzy kanały, które ostatecznie łączą się ze sobą.
Przetrwanie tego stadium lub zaburzenia rekanalizacji dają w efekcie rozdwojenia lub nieprawidłowe połączenia zewnętrznych dróg żółciowych. Loża pęcherzyka żółciowego rozwija się niezależnie i może istnieć nawet przy jego braku, co stanowi dużą rzadkość. Znacznie częściej występują odmiany anatomiczne w postaci zdwojenia, „czapki frygijskiej”, klepsydry lub syfonu. Czasami pęcherzyk znajduje się po lewej stronie wątroby, leży wewnątrzwątrobowo lub zewnątrzotrzewnowo. Częste są odmiany anatomiczne przewodu pęcherzykowego, przewodów wątrobowych i naczyń tętniczych. Przewód żółciowy wspólny i przewód trzustkowy, powstając z zarodkowego uchyłku jelita przedniego, leżą blisko siebie i najczęściej mają wspólne ujście tworząc bańkę wątrobowo-trzustkową (Vatera). Wzrost dwunastnicy prowadzi do wchłonięcia części proksymalnej tej bańki, tak że spotyka się jej różne odmiany, jak bańka długa, w której przewód trzustkowy łączy się z żółciowym daleko od dwunastnicy, oraz przeciwnie – jej brak i występowanie osobnych ujść obu przewodów. Ektopiczny lub dodatkowy przewód żółciowy wspólny może uchodzić do żołądka, zwłaszcza jego części odźwiernikowej.
