Z chwilą ustalenia rozpoznania ostrego niedokrwienia kończyny obowiązuje jak najszybsze podanie dożylne heparyny, chyba że są do tego wyraźne przeciw-wskazania (p. Część I, rozdz. 9). Postępowanie to jest celowe nawet wówczas, gdy rozważa się możliwość leczenia chirurgicznego. W przypadku znacznego prze-dłużania czasu krzepnięcia tuż przed operacją działanie heparyny może być natychmiast zniesione podaniem siarczanu protaminy. Heparynę podaje się w powtarzanej co 4-6 h dawce 75-100 mg lub w ciągłym wlewie dożylnym. Jeśli nie zapada decyzja leczenia chirurgicznego, to można włączyć doustne leki przeciwzakrzepowe, odstawiając heparynę po uzyskaniu zmniejszenia zawartości protrombiny do pożądanych wartości (20-40%). Leczenie przeciwzakrzepowe jest przeciwwskazane, gdy przyczyną zatoru jest tętniak rozwarstwiający lub gdy mamy do czynienia z zatorem miażdżycowym.

Skuteczność leczenia fibrynolitycznego (leki te zostały szczegółowo omówione w Części I, rozdz. 9) w ostrym niedokrwieniu kończyn nie została w sposób pewny ustalona i nie ma dowodów, aby dawało ono lepsze wyniki od leczenia przeciwzakrzepowego.