Przebieg choroby – stałe wydalanie odbarwionych stolców, narastanie stężenia bilirubiny w surowicy krwi, wydalanie ciemnego, brudzącego bieliznę moczu przy ogólnie dobrym stanie dziecka i braku biochemicznych wykładników czynnego procesu zapalnego – zdaniem niektórych (2, 51) pozwala na prawidłowe ustalenie rozpoznania n.d.ż. w 82% przypadków. Ponieważ do chwili obecnej nie ma żadnego badania, poza cholangiografią śródoperacyjną, pozwalającego na pewne rozpoznanie anatomicznej n.d.ż., cały wysiłek diagnostyczny musi być skierowany w celu wyłączenia tych niemowląt, u których odpływ żółci do przewodu pokarmowego jest zachowany.

Jednym z cenniejszych, lecz trudno dostępnych w Polsce badań jest badanie z czerwienią bengalską znakowaną izotopem 131I. Po dożylnym podaniu 3 [xCi/kg* tego znacznika przeprowadza się przez 72 godziny zbiórkę kału dokonując pomiaru jego radioaktywności. Wydalanie przez przewód pokarmowy mniej niż 5% podanego izotopu przemawia za n.d.ż. Należy podkreślić, że jakakolwiek domieszka moczu w kale całkowicie zniekształca wyniki.

Stosunkowo prostym badaniem wykazującym drożność dróg żółciowych jest zgłębnikowanie dwunastnicy w celu wykrycia w jej treści kwasów żółciowych. Ich brak może być również wynikiem znacznego stopnia cholestazy wątrobowej i nakazuje powtórzenie badania po zastosowaniu cholestyraminy podanej doustnie w 4 dawkach po 0,5 g przez 3-4 dni. Jednocześnie określa się stężenie lipoproteiny X (lpx) w surowicy krwi i powtarza to badanie po okresie stosowania cholestyraminy. Zwiększone stężenie lpx i ponowne stwierdzenie braku kwasów żółciowych w treści dwunastniczej może być traktowane jako wskazanie do otwarcia jamy brzusznej i wykonania cholangiografii śródoperacyjnej.